Martin Obr: Vždy jsem byl fascinován strukturní biologií ****************************************************************************************** * Martin Obr: Vždy jsem byl fascinován strukturní biologií ****************************************************************************************** „Viry jsou nejmenší uzavřený systém, ke kterému lze přistoupit exaktně – lze vyřešit struk viru,“ líčí svůj zájem strukturní virolog Martin Obr. Aktuálně působí na IST Austria, kde strukturou a architekturou virové schránky – kapsidy. Rozhovor se odehrává v době koronavirové pandemie. Jak současnou situaci vnímá strukturní Málokdo čekal, i vzhledem k minulým epidemiím SARS či MERS, že to bude mít takový dopad i Samozřejmě sleduji všechna doporučení pro ČR i pro Rakousko a nechci dělat nějaké predikce to ještě chvíli potrvá. Vývoj v Evropě se mění každým dnem. Nemáme zkušenosti. Liší se nějak situace v Česku a Rakousku? Opatření jsou velmi podobná. Přijímání jednotlivých opatření v ČR a v Rakousku se lišilo v maximálně dnů. Myslím, že jednotlivé evropské státy se navzájem hodně inspirovaly. A co koronavirová pandemie z pohledu vědce – strukturního virologa? Sledujete to? Ano, překvapilo mě, že struktura nového koronaviru byla vyřešena velmi rychle. Byla to otá od prvního zveřejnění sekvence viru. A to normálně může trvat i několik let. Bylo skvělé, biologie rychle a flexibilně zareagovala. Ale ten článek je čistě popisný, pro další studi jak co funguje si budeme muset ještě pár měsíců počkat. Seriál „Czexpats in Science z UK“? přináší rozhovory s úspěšnými absolventy Univerzity Kar Vzniká ve spolupráci s Czexpats in Science [ URL "http://czexpatsinscience.cz/"] , spolkem republice. Jak jste se dostal k virologii? Už na bakalářce jsem začal pracovat na ÚOCHB pod vedením docentky Rumlové. Ta mě nadchla p a virových částic. A zpětně jsem si uvědomil, že jsem byl vždy fascinován strukturní biolo navíc nejmenší uzavřený systém, ke kterému lze přistoupit exaktně – lze vyřešit strukturu třeba u buňky nelze, ta je už moc velká a složitá. Získal jste inženýrský titul na VŠCHT v Praze a také magisterský titul v oboru Genetika, m biologie a virologie na Přírodovědecké fakultě UK. Co vás k tomu vedlo? Zájem. Během studií se postupně rozvíjel můj zájem o molekulární a strukturní biologii, ja svět na molekulární úrovni. Začínal jsem na bakalářském oboru Chemie a postupně jsem se do a více k biologii. Na VŠCHT mně jednoduše začaly docházet předměty, které mě zajímaly, jak biologie a virologie, proto jsem se přihlásil i na Univerzitu Karlovu. Byl nějaký rozdíl mezi studiem na VŠCHT a Přírodovědecké fakultě UK? Na VŠCHT byl kladen větší důraz na aplikaci a praxi. Téměř ke každému předmětu bylo prakti na Přírodovědecké fakultě to bylo více o teoretickém a analytickém přístupu – každý problé z teoretického hlediska a co nejvíce do hloubky. Naučilo mě to, jak přemýšlet o experiment kontroly, jak přemýšlet o výsledku jako takovém. Z každé školy jsem si odnesl něco jiného, dva různé přístupy. Nedá se říci, že by mi jedna škola dala více nebo mi více vyhovovala. jsem si mohl vzít z obou škol to nejlepší. Na doktorské studium jste odešel do Heidelbergu, teď působíte jako postdoktorand na IST Au české školství připravilo na působení v zahraničí? České školství mě naučilo drill, tvrdé znalosti a dovednosti – naučit se vzorce aminokysel zkratky nebo periodickou tabulku prvků. Tyto znalosti mi pomohly dostat se na doktorát do Naopak mi chyběly tzv. měkké znalosti, jak prezentovat a formulovat vědecké výsledky. Ales době mého studia, myslím a doufám, že teď se to už dost změnilo. • Institute of Science and Technology Austria (IST Austria) je mezinárodní vědecká institu především na přírodní a matematické vědy. Založena byla v roce 2009 a sídlí 20 km od Víd Klosterneuburgu. Podle žebříčku Nature Index 2019 (publikační aktivita v přírodních vědá velikost ústavu) byla hodnocena jako 3. nejlepší vědecká instituce na světe. Na prvním m Cold Spring Harbor Laboratory v New Yorku, USA a na druhém Weizmann Institute of Science Israel. Věnujete se strukturní virologii. Jak vypadá váš den v laboratoři? To se odvíjí od toho, zda provádím experimenty, nebo následnou analýzu. Časově to vychází 50, i když analýza často zabere i více času. Má hlavní metoda je elektronová mikroskopie p struktury proteinů a biomakromolekul. Takže experimentální část trávím přípravou vzorků a elektronovém mikroskopu a poté následuje analýza na počítači. Co konkrétně studujete? Studuji skládání virových částic a jejich morfogenezi – především retrovirů, mezi které pa ale tím se momentálně nezabýváme. My pracujeme s viry, které jsou HIV podobné, ale nejsou a není potřeba taková BSL (biosafety level) ochrana. Konkrétně se zabýváme strukturou a ar virové schránky – kapsidy. Proč je důležité pochopit skládání viru? Každý krok v životním cyklu viru vyžaduje jiné proteiny, virové součásti, a my s každým kr interferovat – zabránit, aby virus replikoval genetickou informaci, aby došlo ke vstupu vi buňky a stejně tak můžeme zabránit skládání virové částice. U retrovirů je navíc zajímavé, částice, která se tvoří v infikované buňce je jiná, než částice, která infikuje další buňk procesu maturace (dozrávání) a virová kapsida se výrazným způsobem reorganizuje, což není obvyklé. To je jeden ze specifických kroků, kdy se dá dozrávání zabránit a virus tak zniči vhodné způsoby, jak zabránit replikaci (množení) virů. Co vás baví na vědě? Baví mě řešit problémy, dívat se na věci, které ještě nejsou známé a být ten první, který a něco objeví. Baví mě posouvat hranice lidského poznání a také, že to není rutina, každý unikátní. Jaké jsou vaše plány do budoucna? Výhledově během 5–10 let zvažuji návrat do Čech. Zatím jsem ještě ve fázi sbírání zkušenos je největší výhoda a nevýhoda zároveň, že člověk neví, co bude. Ve vědě totiž téměř nejsou pozice, vědec má smlouvu na 2–3 roky a pak neví, zda na něho budou peníze, nebo zda bude m podporované měnit projekty a místa působení. Osobně to vnímám jako výhodu. Baví mě cestová v jiné zemi, zjistit jak to jinde funguje. Lákalo by vás mít vlastní výzkumnou laboratoř? Ano, umím si představit mít vlastní skupinu. Moc mě baví šířit vlastní nadšení pro vědu a biologii a nadchnout tak i ostatní studenty. Navíc jsem měl štěstí na skvělé šéfy a každý díky tomu mám možnost srovnání a vím, co bych třeba udělal jinak. Z těchto zkušeností si m vlastnosti a přístup, jak být ideální vedoucí skupiny (směje se). Co vás baví mimo vědu? Jak dobíjíte baterky? Jednoznačně sportem. Mám rád běhání, dlouhou dobu jsem hrál volejbal, i když teď na něj ne také mě baví cestování a fotografování. Během Ph.D. studia mě začala velmi bavit a zajímat ale to teď moc dobře nejde, protože žiji ve velkém městě. Astrofotografie je nesmírně obtí jsem spíše laik – amatér, ale moc mě to baví. ░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░░ Mgr. Ing. Martin Obr, Ph.D. Vystudoval inženýrský titul v oboru Obecná a aplikovaná biochemie na VŠCHT v Praze a také pokračoval do skupiny Hans-Georga Kräusslicha na University Hospital Heidelberg. Aktuálně